振込み手数料が証券会社負担か顧客負担かというのは、オンライントレードのコストを比較する場合、重要な要素でした。事実、オンライントレードの騎士でも、このコストポイントを設けています。
しかし、これは、手数料自由化前の各社とも同率の手数料であった場合の話。自由化前は、確かに振り込み手数料の証券会社負担はコスト的な価値がありました、手数料自由化後は、その価値感にも一考が必要なのではと考えています。

振り込み手数料をすべて証券会社が負担してくれるから「こりゃコストが安い。」と思うのは、短絡的な考え方なのではないでしょうか。

よく考えてみましょう。振り込み手数料をすべて証券会社が負担したとしても、それは手数料負担分は、手数料代金に組み込まれているわけです。すべての振り込み手数料を証券会社が負担するよりは、その見合い分を手数料の割引に反映させたほうが、手数料自由化後のコスト体系としては理にかなっていると思うのです。

振り込み手数料はすべての人が、買付けごとに振り込み手続きをするわけではないでしょう。また売却時に必ず、自分の銀行口座に振り込み依頼をするわけではないでしょう。
ここで、常に銀行振込みを利用する人、しない人の不公平が出てきます。銀行振込みを多用する人には、確かにコスト的には安く済みます。しかし、銀行振込みを利用せず売却代金をMRFなどで運用したする人にはまったくメリットがありません。委託手数料の中には、振込み見合い分も含まれているわけですから、この両者が、同じ委託手数料というのはおかしな話ではないでしょうか。証券会社にしてもMRFの自動スイープ利用で運用してもらったほうがはるかに、手間もコストもかからないはず。どちらかといえば、取引ごとに銀行利用する人よりMRF利用者にコスト的な優遇があってもいいのではないでしょうか。
確かに、この感え方を元に、証券総合口座を利用すると、手数料が安くなる会社があります。でもそれらの会社は、みんなディスカウントブローカーじゃないんですよね。

すべての振り込み手数料を証券会社が負担するよりは、その見合い分を手数料の割引に反映させたほうが、手数料自由化後のコスト体系としては理にかなっていると思うのです。そのほうが利用者すべてに公平なコストと言えるのではないでしょうか。